民航上海局
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1957年1月9日，中国民航上海管理处飞行中队成立
中国民航上海局的空客A310于大阪伊丹机场（1980年代）
1956年12月[6]，民航上海管理处筹组飞行队[6][7]，从民航北京管理处、民航重庆管理处、民航专业航空队、民航上海管理处等单位抽调机长、副驾驶、随机报务员、随机机械员，于1957年1月9日正式组成民航上海管理处飞行中队[7]。1959年6月24日，扩建为民航上海管理局飞行大队[6][7]。1961年11月10日[6]，又扩编为民航上海管理局运输飞行大队[6][7]。1963年7月22日[6][7]，更名为中国民用航空第3飞行大队[7]。1965年9月1日，又更名为中国民用航空第5飞行大队[6][7]。
上海局建立后于1954年10月1日，开辟上海——汉口——宜昌——重庆航线；后开辟上海至北京、西安、广州、兰州等航线，经停沿途主要城市。1960年代随着三线建设，先后开通上海至成都、沈阳、昆明、贵阳航线，1970年代开通郑州、福州、长沙、桂林、乌鲁木齐航线。随着对外开放，1980年代开通至大连、青岛、海口、厦门、烟台、宁波、连云港、太原、长春、秦皇岛航线。国际航班方面，1979年开通上海-长崎航线，为中国民航上海管理局开通的首条国际航线[8]。1980年，民航上海管理局第5飞行大队在中英落实航空运输协定后于6月21日开辟上海——香港航线。1981年从总局接手其他日本航线，陆续开辟东京、大阪、福冈等航点[9]。
公司化
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使用东航涂装但仍标示为中国民航的空中客车A300在香港啟德機場（1990年1月），1990年4月才正式以东航名义执飞沪港航线
中国东方航空飞机于上海虹桥国际机场（1991年）
1988年1月1日[6]，依照民航系统管理体制“政企分开、简政放权”的原则[7]，在中国民用航空第5飞行大队的基础上组建中国东方航空公司[7]，开始进行内部试运行[6]。同年6月25日[6]，正式对外宣布成立[6][7]。成立之初，东航从民航上海管理局自然过渡的各型飞机数量达62架，其中运输飞机7种机型共33架，通用飞机2种机型共29架[10]。
1990年4月1日，中国东方航空正式以“中国东方航空”名义和标志执飞上海-香港、上海-东京航线，以“MU”代碼取代原中国民航代码“CA”（现为中国国际航空的代码），客票代号前缀为“781”[3]。
东方航空在成立后开始规划洲际航线，提出“飞向世界”的战略任务。1988年4月1日开辟上海—厦门—香港包机航线，不久即停航；1990年4月1日，开通定期香港航线。除继承原民航上海管理局的上海-东京、大阪、长崎、福冈航线，1991年8月6日使用该年引进的麥道MD-11开通上海-洛杉矶航线，1992年开通上海-布鲁塞尔航线[11][12][13]，1996年利用当年引进的空中客车A340-300先后开通上海-慕尼黑、上海-悉尼两条航线。至此，东航航线网络覆盖亚洲、北美洲、欧洲、澳洲等地，由一家以经营国内航线为主的区域性航空公司发展成国际航空公司[3]。在发展洲际航线的同时，东航也在完善国内航线网络。1990年，民航局将下属山东省局、安徽省局、江西省局并入东航管理，改组为分公司。1993年，东航和江苏省人民政府合资兴办东航江苏公司[3]。通过分支机构的建立，东航的运营基地由单一的上海基地扩大至覆盖中国大陆多个城市的分基地[3]。
为了推进企业的现代化建设，东航于1992年11月11日举行的第二届职工代表大会上提出“推行自下而上的股份制改造”。1995年，中国东方航空公司重组，分设承担投资管理职能的东方航空集团公司和经营航空主业的中国东方航空股份有限公司。1997年，中国东方航空股份有限公司在香港、纽约和上海三地上市，成为中国首家在香港、纽约和上海三地上市的航空公司[14]。
在1995年年初中共中央、国务院提出“实施大公司、大集团战略”后，东航开始兼并小规模航空公司。1998年2月，民航总局批准中国通用航空重组，其中运输部分改为东航山西分公司，通用航空河北分公司改为东航河北分公司。同年8月18日，由东航与中远集团合资的中国货运航空成立。2001年6月，由中国民航飞行学院创立的长城航空改制为东航宁波分公司。2002年8月，按照国务院印发的民航体制改革方案，东航兼并中国西北航空、联合云南航空，组建新的中国东方航空集团公司，原西北航、云南航改制为东航西北公司和东航云南公司。同时，武汉航空改制为东航与3家投资方共同出资组建的东航武汉公司。2003年，东航江苏公司与原西北航子公司南京航空合并[3]。
2006年3月14日，中国东方航空成为2010年上海世博会首家合作伙伴（航空客运）。东航选用空中客车A340-600型客机（注册号B-6055）推出彩绘涂装世博号飞机[15]。
近年发展
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2007年1月12日，东航完成股权分置改革[3]。同年9月2日，东航与新加坡航空公司和新加坡淡马锡控股签署合作框架协议，通过定向增发H股的方式与它们结为战略合作伙伴。新航和淡马锡持有的H股分别占总股本的15.7%和8.3%[16]。此協議最終因中國國際航空帶頭反對下，最終被股東投票否決。2008年7月31日，东方航空宣布将在北京奥运会后与新加坡航空公司重新进行洽谈售股事宜[17]。
2009年3月，国务院颁布关于推进上海加快国际金融中心、国际航运中心建设的意见。根据《上海航空枢纽战略规划》的要求，上海航空枢纽在2010年之前基本建成。作为建设上海航空枢纽的一部分，国务院国资委和上海市国资委开始探讨和推进中国东方航空与上海航空的联合重组事宜。2009年6月8日，东航、上航同时停牌，启动联合重组工作。2010年1月28日，东航与上航完成换股吸收合并，合并后上航品牌得以保留[3]。
2011年6月21日，東航與子公司上海航空於北京人民大會堂正式加入天合聯盟，成為聯盟中第14位成員航空公司。
2012年3月26日，中国东方航空與澳洲航空公司旗下捷星航空簽訂諒解備忘錄，在香港設立各佔一半股權的廉航公司捷星香港（Jetstar Hong Kong）将于2013年开始提供服务，先期共出資1.15億美元，有可能增至1.98億美元。但是2015年6月25日，香港空运牌照局拒绝了捷星香港的牌照申请，这也意味着捷星香港胎死腹中。
2012年11月26日，中国东方航空全資的中國聯合航空公司和原東航河北分公司完成聯合重組，成為新的中國聯合航空公司（簡稱「新中聯航」）。新的中聯航擁有清一色波音飛機23架，下設中聯航河北分公司、北京南苑機場管理公司、佛山沙堤機場管理公司，總資產14億元人民幣。
截至2012年底，东航已连续四年获评国资委A类中央企业。
2012年东航被全球品牌传播机构WPP评为“Brandz最具价值中国品牌50强”，获评第八届中国证券市场年会最高奖项 “金鼎奖”，并入选《财富》杂志（中文版）2013中国企业社会责任排行榜前十强。
2014年12月，东航工程技术公司改制为独立子公司，并更名为中国东方航空技术有限公司[3]。
2015年7月27日，中国东方航空与达美航空签署协议，协议包括达美航空向中国东方航空投资4.5亿美元并取得其3.55%股份。之后在9月1日，两家公司在上海正式签署《关于达美航空战略入股东航认股协议确认书》和《市场协议》，双方表示将在代码共享、舱位管理、时刻协调、销售合作、机场设施共享、常旅客计划、贵宾室及系统投资、人员交流等领域开展深入合作，构建长期、全面的合作伙伴关系[18][19]。
2017年7月28日中國東方航空宣布将联合达美航空，各投资3.75亿欧元收购其联营伙伴法荷航集團10%的股權，并获得董事会一个席位[20]。